Когда мы рисуем бесшовный паттерн (текстуру, seamless), то есть несколько вариантов как убрать выступающие элементы:

1. Обрезать с помощью палитры Обработка контуров (Pathfinder)
2. Спрятать с помощью Обтравочной маски (clipping mask)
3. Скриптом Magic Eraser (сама не пользовалась, комментировать не буду)

Я это делаю симлесы  (seamless) с помощью обтравочной маски, потому что это сохраняет возможность ее потом редактировать. Сама дизайнер и не раз чертыхалась когда нельзя было вытащить один элемент. Итак:

Сначала рисуем квадрат такой же по размеру как наш паттерн в маске.

Выравниваем его с нашим паттерном. Так как у меня симлес находится на монтажной области, то квадрат я выравниваю с монтажной областью. Делаю это в палитре Трансформация. Смотрите параметры на картинке, выставляйте такие же.

Делаем квадрат БЕЗ ЗАЛИВКИ И ОБВОДКИ. Внимание!

Отправляем его в самый низ. Смотрите палитру Слои.

Выделяем ГРУППУ ОБТРАВКИ и КОНТУР НИЖЕ. Можно сгруппировать. Я группирую, что бы покупателям было удобно.

Перетаскиваем то что выделено в палитру Образцы цвета и получаем паттерн.

То что получилось у меня:)

 

Горячие клавиши  для иллюстратор из урока:

1. ctrl+G группировка выделенных объектов
2. ctrl+7 создать Обтравочную маску (клиппинг маск)
3. ctrl+[ отправить объект на 1 подслой ниже (ctrl+] вверх на 1 объект, подслой)
4. ctrl+shift+[ отправить объект на самый низ (ctrl+shift+] тоже самое, только на самый верх)